Anime Naruto: Shippuuden ini bercerita tentang Sudah dua setengah tahun sejak Naruto Uzumaki meninggalkan Konohagakure, Desa Konoha, untuk pelatihan intensif setelah acara yang memicu keinginannya untuk menjadi lebih kuat. Sekarang Akatsuki, organisasi misterius ninja nakal elit, mendekati rencana besar mereka yang dapat mengancam keselamatan seluruh dunia shinobi. Meskipun Naruto lebih tua dan peristiwa menyeramkan muncul di cakrawala, ia telah sedikit berubah dalam kepribadian — masih kasar dan kekanak-kanakan — meskipun ia sekarang jauh lebih percaya diri dan memiliki tekad yang lebih besar untuk melindungi teman-teman dan rumahnya. Apapun yang terjadi, Naruto akan melanjutkan perjuangan untuk apa yang penting baginya, bahkan dengan mengorbankan tubuhnya sendiri, dalam kelanjutan kisah tentang bocah lelaki yang ingin menjadi Hokage.